Der 3. Bauabschnitt folgt der gestalterischen und technischen Logik des 2. Bauabschnittes und führt die Sanierung des Hauptgebäudes in der zentralen Ost-West-Achse fort. Diese wird zukünftig auch in den Obergeschossen die beiden großen Freitreppenhäuser, den östlichen und den westlichen Kopfbau für die Besuchenden erschließen.
Neben der Sanierung von Schausammlungs- und Ausstellungssälen und der Schaffung neuer Technikzentralen, werden eine Vielzahl an Arbeitsplätzen hergerichtet. Hier werden neben einem denkmalgeschützten Hörsaal und der Schaffung eines Lehrsaales auch Kursräume für die Museumspädagogik eingerichtet, die sich in direkter Nähe zum Ausstellungsbereich befinden.
Die Zugänglichkeit des Westflügels sowohl durch ein separates Außentor wie über die Ausstellungsbereiche erlauben in besonders günstiger Weise eine solche Nutzung als Informations- und Lehrzentrum. Einem interessierten Publikum - wie Gastforschenden - wird eine spezialisierte Mediothek für Recherche und wissenschaftliches Arbeiten über die Sammlungsbestände und die zugehörige Literatur und Archivmaterialien zur Verfügung gestellt werden.
Mit dem Wiederaufbau des Ostflügels im Jahre 2010 wurden erstmalig wissenschaftliche Sammlungen auch außerhalb von Spezialführungen für das Publikum zugänglich. Auch der 2. und 3. Bauabschnitt folgen dieser Logik entsprechend der ursprünglichen architektonischen Bestimmung des älteren Vordergebäudes und setzen perspektivisch die Öffnung der Obergeschosse für Besuchende fort.
Dem ursprünglichem Plan, die gesamte Sammlung der Öffentlichkeit zugänglich zu machen, um zu faszinieren und Neugierde zu wecken, wird damit perspektivisch wieder ein großes Stück näher gekommen. Offenheit, Partizipation, Engagement und Faszination stehen für die Arbeitsweise des Museums für Naturkunde Berlin und das Naturkundemuseum des 21. Jahrhunderts. Das Konzept des 2. Bauabschnittes, eines sparsamen Umgangs mit energetischen Ressourcen und zugleich einem nachhaltigen Schutz unserer Forschungsgrundlagen und zu bewahrenden Kulturgüter, wird auch im 3. Bauabschnitt konsequent fortgesetzt.