Amrita Srivathsan

Aufgabengebiete

Forscherin auf dem Gebiet der Bioinformatik für die Entdeckung von Arten und für Arteninteraktionen

Forschung

Meine Forschung konzentriert sich auf die Untersuchung der Interaktionen zwischen Arten und der biologischen Vielfalt in verschiedenen Ökosystemen. (1) Ich entwickle bioinformatische Werkzeuge und nutze modernste Technologien wie Nanopore für die Entdeckung von Arten. Ein Hauptaugenmerk liegt auf der Entwicklung benutzerfreundlicher Tools für groß angelegte NGS-Barcoding-Projekte, wie ONTbarcoder, um mithilfe der Nanopore-Sequenzierung genaue Konsens-Barcodes zu erhalten. (2) Darüber hinaus verwende ich Metagenomik und Metabarcoding, um die Interaktionen zwischen den Arten anhand verschiedener Arten von Umweltproben zu charakterisieren. Dadurch können wir die Ernährung, Parasiten und Mikrobiome untersuchen und wertvolle Einblicke in die komplexen Beziehungen zwischen Arten und ihrer Umgebung gewinnen.

Publikationen (Auswahl)

Srivathsan A, Ang Y, Heraty JM, Hwang WS, Jusoh WFA, Kutty SN, Puniamoorthy J, Yeo D, Roslin T, Meier R (2023). Convergence of dominance and neglect in flying insect diversity. Nature Ecology and Evolution 7: 1012-1021 doi: 10.1038/s41559-023-02066-0

Srivathsan A, Loh RK, Ong EJ, Lee L, Ang Y, Kutty SN, Meier (2022). Network analysis with either Illumina or MinION reveals that detecting vertebrate species requires metabarcoding of iDNA from a diverse fly community. Molecular Ecology doi: 10.1111/mec.16767.

Srivathsan A, Lee L, Katoh K, Hartop E, Kutty SN, Wong J, Yeo D, Meier R (2021). ONTbarcoder and MinION barcodes aid biodiversity discovery and identification by everyone, for everyone. BMC Biology 19: 217. doi: 10.1186/s12915-021-01141-x

Ang A, Roesma DI, Nijman V, Meier R, Srivathsan A, Rizaldi (2020). Faecal DNA to the rescue: Shotgun sequencing of non-invasive samples reveals two subspecies of Southeast Asian primates to be Critically Endangered species. Scientific Reports 10(1): 9396. doi: 10.1038/s41598-020-66007-8

Srivathsan A, Hartop E, Puniamoorthy J, Lee WT, Kutty SN, Kurina O, Meier R (2019). Rapid, large-scale species discovery in hyperdiverse taxa using 1D MinION sequencing. BMC Biology 17: 96. doi: 10.1186/s12915-019-0706-9

Srivathsan A, Nagarajan N, Meier R (2019). Boosting natural history research via metagenomic clean-up of crowdsourced feces. PLoS Biology 17(11): e3000517. doi: 10.1371/journal.pbio.3000517

Srivathsan A, Baloğlu B, Wang W, Tan WX, Bertrand D, NG AHQ, Boey EJH, Koh JJY, Nagarajan N, Meier R (2018). A MinION™‐based pipeline for fast and cost‐effective DNA barcoding. Molecular Ecology Resources 18(5): 1035-1049. doi: 10.1111/1755-0998.12890

Srivathsan A, Ang A, Vogler AP, Meier R (2016). Fecal metagenomics for the simultaneous assessment of diet, parasites, and population genetics of an understudied primate. Frontiers in Zoology 13: 17. doi: 10.1186/s12983-016-0150-4

Srivathsan A, Sha JCM, Vogler AP, Meier R (2015). Comparing the effectiveness of metagenomics and metabarcoding for diet analysis of a leaf‐feeding monkey (Pygathrix nemaeus). Molecular Ecology Resources 15(2): 250-261. doi: 10.1111/1755-0998.12302

Srivathsan A, Meier R (2012). On the inappropriate use of Kimura‐2‐parameter (K2P) divergences in the DNA‐barcoding literature. Cladistics 28(2): 190-194. doi: 10.1111/j.1096-0031.2011.00370.x

Für mehr siehe Amrita Srivathsan auf Google Scholar