Rezente Wirbeltiere
Die Sammlung rezenter Wirbeltiere besteht aus Exemplaren aller Großgruppen der Craniota und Vertebrata. Sie sind systematisch nach Großgruppen geordnet. Teilsammlungen, welche jeweils eigenen Kustodien zugeordnet sind, umfassen die Großgruppen der rezentenen Fische, Reptilien und Amphibien, Vögel und Säugetiere. Die Wirbeltiersammlungen enthalten auch Spezialsammlungen mit einem Schwerpunkt auf Entwicklungsbiologie bei der Embryologische Sammlung oder bei Haustieren.
Das Alter der ältesten Exemplare, inklusive der Präparate des Naturalienkabinetts der Königlich Preussischen Akademie der Wissenschaften und der Königlichen Kunstkammer reicht bis in das frühe 18. Jh. zurück. Die geographische Perspektive der Sammlung war von Beginn an eine weltweite, nicht regional fokussierte. Sie sind durch frühen Handel mit naturkundlichen Objekten und durch eine Vielzahl von Expeditionen mit politischer, geographischer, ozeanographischer, biologischer oder ethnologischer Zielsetzung bedeutend erweitert worden, insbesondere zu kolonialer Zeit.
Bedingt durch die weit zurückreichende Geschichte der Sammlung ist diese besonders reich an Typen sowie an Exemplaren von seltenen bzw. ausgestorbenen Exemplaren. Ebenfalls beherbergen sie Exemplare berühmter Sammler, wie z. B. Marcus E. Bloch (1723-1799), Alexander von Humboldt (1769-1859), Peter S. Pallas (1741-1811), Adelbert von Chamisso (1781-1838) und Ernst Mayr (1904-2005).