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Das Museum für Naturkunde Berlin ist Vordenker in der Entwicklung der Bürgerwissenschaften in Europa. Gemeinsam mit Wissenschaft im Dialog wurde die deutsche Online-Plattform für bürgerwissenschaftliche Projekte aufgebaut: https://www.buergerschaffenwissen.de/. Bis Ende 2018 waren 116 Projekte online verfügbar. Das Museum bietet nicht nur die Möglichkeit, sich mit der Wissenschaft auseinanderzusetzen, sondern spielt dieses Wissen in die wissenschaftliche Gemeinschaft zurück und war federführend bei der Entwicklung des Deutschen Grünbuchs für Bürgerwissenschaften. Die Wahl des Generaldirektors Prof. Johannes Vogel zum Executive Chair von ECSA (European Citizen Science Association) und Dr. Katrin Vohland unter dem Vorsitz der COST-Aktion (Citizen science to promote creativity, scientific literacy, and innovation throughout Europe), an der 38 Länder beteiligt sind, unterstreicht die Bedeutung des Museums im Bereich der partizipativen Forschung.

Um die Erforschung der Natur zu fördern und die Bürger für Innovationen zu begeistern, entwickelte das Museum die mobile Anwendung Naturblick, die es ermöglicht, Flora und Fauna zu erforschen. Im Gegensatz zu anderen Apps kann sie Vogelstimmen genau erkennen. Bis Ende 2018 wurde die App 126.000 Mal kostenlos über die Google- oder Apple-Stores heruntergeladen. Die App ist nicht nur Schaufenster der digitalen Umweltbildung, sondern zeigt auch das Potenzial der Mustererkennung bei der Artenidentifikation. Die App wurde vom Deutschen Nachhaltigkeitsrat und von der UN-Dekade der biologischen Vielfalt ausgezeichnet. Zusammen mit WikiMedia, OKF (Open Knowledge Foundation) und digis (The Research and Competence Center Digitalization Berlin) ist das Museum einer der Initiatoren des Coding da Vinci Hack-a-thons, der die kreative Nutzung verschiedenster Daten fördert. Die SnailSnap-App, mit Hilfe von Museumsdatensätzen erstellt, erkennt einzelne Objekte der Schneckensammlung, kann sie ausschneiden und später in einem Selfie neu anordnen. Die App gewann den Preis für das beste Design, wurde - integriert in einen Fotoautomaten - auf der MS Wissenschaft (Wissenschaftszentrum des Ministeriums für Bildung und Forschung) ausgestellt und birgt das Potenzial wissenschaftlicher Nutzung bei der Digitalisierung von Sammlungsmaterial.

Industriepartner suchen die technologische und wissenschaftliche Kompetenz des Museums sowie den Zugang zu einem großen und vielfältigen Publikum, um Hightech-Geräte zu testen. Im Rahmen der T. rex - Ausstellung initiierte das Museum Kooperationen, wie z.B. mit dem Berliner Start-up shoutrLabs. Dabei wurde Tristan Otto mit Augmented Reality wieder zum Leben erweckt und lief auch über die CeBit, die größte Fachmesse für Innovation und Digitalisierung. Der Technologiekonzern Toshiba testete die neueste CT-Technologie an den T. rex - Knochen unter Beteiligung der Berliner Charité. Im Jahr 2018 begann das Museum eine Zusammenarbeit mit YXLON International, Hersteller von industriellen Röntgen- und CT-Inspektionssystemen. Während das Unternehmen einen leistungsstarken YXLON FF35 CT mit Doppelrohrsystem zur Verfügung stellt, testen die Mitarbeitenden die Technologie und ihre Nutzbarkeit für naturkundliche Sammlungen und helfen bei der Optimierung der Ausrüstung. Mediasphere for Nature, das multimediale Anwendungslabor des Museums, etablierte allein Kooperationen mit 20 Industriepartnern.

Seit 2018 gibt es innerhalb der Ausstellungen einen Bereich für den Austausch und die Teilnahme an der Wissenschaft des Hauses: Das Experimentierfeld. Ziel ist es sich zu öffnen, Synergien zwischen Wissenschaft, Infrastruktur und Transfer zu schaffen sowie die Sammlung und die Forschung durch die vielfältigen Perspektiven und Meinungen der Besuchenden zu bereichern. Die entstandenen Räume - von Küche und Wohnzimmer inspiriert - ermöglichen eine direkte Kommunikation zwischen Mitarbeitenden und Besuchenden und geben Einblicke in die Arbeit als Forschungsmuseum.