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Die Sammlung rezenter Wirbeltiere besteht aus Exemplaren aller Großgruppen der Craniota und Vertebrata reicht bis in das frühe 18. Jh. zurück.
Die Sammlung fossiler Wirbeltiere beinhaltet die fossilen Überreste aller bekannten Wirbeltiergruppen. Mehr als 1.200.000 Objekte sind in der Sammlung registriert.
Die Sammlung fossiler Wirbelloser umfasst die fossilen Reste von Muscheln, Schnecken, Korallen, Schwämmen, Seeigeln, Seelilien, Krebstiere, usw.
Das Museum für Naturkunde Berlin besitzt eine umfangreiche Sammlung von Pflanzenmaterial, sowohl rezenter als auch fossiler Gewächse.
Das Museum für Naturkunde Berlin besitzt umfangreiche Aufsammlungen im Bereich Mineralogie und Petrographie.
Das Museum für Naturkunde Berlin stellt einen Teil seiner umfangreichen Sammlungen direkt online für Recherche- und Forschungszwecke zur Verfügung.