Das Museum für Naturkunde Berlin verfügt über eine Bibliothek, die zu den wichtigsten Referenzbibliotheken zur Zoologie im deutschsprachigen Raum zählt. Ihre Bestände reichen bis in das 15. Jh. zurück. Weitere Sammelschwerpunkte der Bibliothek sind Paläontologie, Mineralogie und Geologie. Die Bibliothek ist Teil des Forschungsbereiches "Digitale Welt und Informationswissenschaft".

In der Historischen Arbeitsstelle des Museums lagert eine umfangreiche Sammlung an historischen Schriften, Dokumenten, Nachlässen, Bildmaterial und biologischen Modellen. Als einmalige Quelle für die Geschichte der am Museum vertretenen Fachdisziplinen beinhaltet die Sammlung eine Vielzahl an Briefen, Sammellisten, Skizzenheften sowie Aufzeichnungen, Zeichnungen und Fotos von Forschungsreisen und Expeditionen. Die Historische Arbeitsstelle ist Teil des Forschungsbereiches "Museum und Gesellschaft".