In dem Museum gibt es immer verschiedene Ausstellungen.
In dieser Liste stehen alle Ausstellungen ab dem Jahr 2009.
- Parasiten - Life Undercover: 07.07.2020 bis 23.01.2022
- Tristan - Berlin zeigt Zähne: 17.12.2015 bis 26.01.2020
- MOON WALK: 50 Jahre Mond-Landung: 20.07.2019 bis 26.10.2019
- ARTEFAKTE: 09.10.2018 bis 20.10.2019
- KOEXISTENZ: 17.05.2019 bis 08.09.2019
- ARA: 23.05.2017 bis 14.11.2018
- Sielmann!: 01.06.2017 bis 29.04.2018
- Kometen – Die Mission Rosetta: 09.08.2016 bis 21.01.2017
- Kunst/Natur Interventions-Runde II: 19.07.2016 bis 16.10.2016
- Spino-Saurus: 09.02.2016 bis 12.06.2016
- Tote Wespen fliegen länger: 03.03.2015 bis 03.05.2015
- PANDA:13.01.2015 bis 02.08.2015
- FLIEGEN: 16.08.2014 bis 15.01.2015
- Entwicklungen – 60 Jahre Entdeckung der DNA-Struktur: 23.04.2013 bis 06.01.2014
- Elefanten-Reich – Eine Fossil-Welt in Europa: 30.03.2012 bis 31.08.2012
- Feder-Flug – 150 Jahre Urvogel-Fund: 25.09.12 bis 31.12.2012 und 17.06.2011 bis 31.12.2011
- Biopolis – Wildes Berlin: 8.11.2011 bis 31.07.2012
- Klasse, Ordnung, Art - 200 Jahre Museum für Naturkunde: 14.09.2010 bis 01.05.2011
- Tief-See: 15.09.2009 bis 31.01.2010
- Darwin – Reise zur Erkenntnis: 12.02.2009 bis 12.08.2009